Bernier a été deux fois champion canadien avec l’Impact de Montréal, conduisant le club de sa ville à deux titres consécutifs en 2013 et 2014. Il a ensuite aidé l’Impact à atteindre la finale de la Ligue des Champions de la CONCACAFAT grâce à un parcours incroyable qui s’est soldé par une rencontre devant 61 004 partisans au stade Olympique pour la finale de l’édition 2015 du tournoi continental.
Bernier a disputé son football professionnel en Norvège, en Allemagne, au Danemark et au Canada, notamment les six dernières saisons à Montréal. Outre ses deux séjours avec l’Impact, il a joué en Europe avec les clubs Moss FK, Tromsö IL, 1. FC Kaiserslautern, FC Nordsjælland et Lyngby BK. Avec l’Impact, il a remporté le trophée Giuseppe Saputo en 2012 à titre de joueur par excellence du club. Il a été sept fois récipiendaire du titre de joueur professionnel par excellence au Québec (2005, 2007, 2011, 2012, 2013, 2014, 2016).
Sur la scène internationale, Bernier a fait ses débuts à 24 ans, le 15 novembre 2003 dans un match international amical senior masculin contre la République tchèque à Teplice en République tchèque. Il a disputé 56 matchs internationaux, participant notamment à trois cycles de qualification pour la Coupe du Monde de la FIFA et à quatre tournois de la Gold Cup de la CONCACAF. Il a aidé le Canada à atteindre la demi-finale de la Gold Cup de la CONCACAF en 20087 et les quarts de finales des éditions de 2009 et de 2017. Il a été capitaine de la sélection nationale au tournoi de la Gold Cup de la CONCACAF en 2017.
Il a aussi fait partie du système national junior du Canada à partir de l’âge de 15 ans et représentant le pays dans les rangs U-17, U-20 et U-23 (équipe olympique), ainsi qu’à la Coupe du Monde U-17 de la FIFA, Équateur 1995. Il a joué son soccer juvénile au sein de l’AS Brossard et du FC Sélect de la Rive-Sud.